La storia narra delle vicende degli studenti della Cross Academy, una prestigiosa scuola privata con una quanto meno insolita struttura delle classi.
Gli studenti sono infatti divisi fra Day Class, composta da normali studenti che svolgono le loro lezioni di giorno, e Night Class, un'élite di affascinanti geni che invece svolgono le loro lezioni di notte.
Solo tre persone della Day Class sono a conoscenza de segreto celato della Night Class: il preside Kaien Cross e i due "Guardian", Yuuki Cross, la protagonista, e Zero Kiryu.
I compiti dei guardian sono: assicurare una convivenza pacifica fra le due classi e non far scoprire il segreto della Night Class.
Yuuki ben presto, attanagliata dai dubbi sul suo passato e da visioni sanguinose scopre che Kaname Kuran, il capo della Night Class, le nasconde un segreto.
Dalla volontà di conoscere il suo passato, Yuuki scoprirà che Kaname non è l'unica persona ad avere un segreto e si ritroverà a provare dei forti sentimenti sia per Kaname che per Zero.